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Journal of the Korean Chemical Society (JKCS)

ISSN 1017-2548(Print)
ISSN 2234-8530(Online)
Volume 42, Number 2
JKCSEZ 42(2)
April 20, 1998 

 
Title
Analysis of Higher Order Structure of 5S rRNA from Pseudomonas Alcaligens Byusing (η6-mesitylene) manganese-(I) Tricabonyl hexafluorophosphate

(η6-mesitylene) manganese-(I) Tricabonyl hexafluorophosphate를 사용한 Pseudomonas Alcaligens 5S rRNA의 고차원 구조 분석
Author
Sangbumn Kim, Inwon Park*

김상범,박인원
Keywords
Abstract
(η6-mesitylene) manganese (Ⅰ) tricarbonyl hexafluorophosphate[MTH-Mn (Ⅰ)]과 황산 이케틸, 피로탄산 이에틸, 과망간산 칼륨 따위 화학탐침들을 사용하여 Pseudomonas alcaligenes 5S rRNA의 고차원 구조를 분석하였다. 5S rRNA의 삼차구조에서 MTH-Mn (Ⅰ)이 강하게 절단하는 자리들은 a고리의 G12AUGG16 , b-C 구역의 3'쪽 가닥, 즉G51AAGUGAAGC60, B-a구역의 U65-AGCG69, d고리의 5'쪽 가닥의 G72AUGG76 연속부분 들이다. MTH-Mn(Ⅰ)과 그밖의 화학 탐침들을 사용하여 얻은 절단 양식들에서 우리는, MTH-Mn(Ⅰ)으로 강하게 절단되는 연속부분들이 tRNAPhe의 L자 구조의 모서리 부분에서와 같은 주머니 구조를 이룰 것이며, 이러한 구조를 형성할 때 b-C구역과 d고리가 돌쩌귀 구실을 하는 것으로 추정한다.

The higher order structure of Pseudomonas alcaligenes 5S rRNA has been investigated by using (η6-mesitylene) manganese (Ⅰ) tricarbonyl hexafluorophosphate[MTH-Mn (Ⅰ)], dimethylpyrocarbonate, potassium permanganate as chemical probes. The sequences cleaved strongly by MTH-Mn (Ⅰ) on the tertiary structure of the 5S rRNA are G12AUGG16 of loop a, G51AAGUGAAGC60 of the region b-C, U65-AGCG69 of the region B-a, and G72AUGG76 of loop d. Based on such cleavage patterns of 5S rRNA by MTH-Mn(Ⅰ) and other chemical probes, we presume that the sequences strongly cleaved form pocket-like structure as in the corner of L structure of tRNAPhe. We also presume that the region b-C and loop d together play a role of hinge in forming the pocket-like structure in the 5S rRNA.

Page
209 - 213
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