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Journal of the Korean Chemical Society (JKCS)

ISSN 1017-2548(Print)
ISSN 2234-8530(Online)
Volume 39, Number 6
JKCSEZ 39(6)
December 20, 1995 

Analysis of Higher Order Structure of 5S rRNA from Pseudomonas alcaligenes by using Pb(Ⅱ) Ion

Pb(Ⅱ) 이온을 이용한 Pseudomonas alcaligenes 5S rRNA 의 고차원 구조 분석
Sangbumn Kim, Younghoon Lee, Inwon Park*

김상범, 이영훈, 박인원*
Pb2+ 을 Pseudomonas alcaligenes 5S rRNA의 구조 분석에 응용하였다. Pb2+ 이 5S rRNA를 절단하는 방식은 5S rRNA의 삼차구조의 조사에 이용할 수 있을 것으로 기대되는 몇 가지 특징들을 보았다. Pb2+은 안정한 나선형 줄기들에는 작용하지 않는다. 단일가닥으로된 구역을 또는 내밀린 부분들은 그들의 분자내에서의 위치에 따라 다른 민감도로 작용을 받는다. 불안정한 d 나선은 전혀 작용을 받지 않는다. 불안정한 C 줄기에서는 3'쪽의 가닥만이 작용을 받고 5'쪽의 가닥은 작용을 받지 않는다. Pb2+에 의한 절단과 Xanthomonas celebensis 5S rRNA의 구조분석의 결과들에 기초하여 우리는 5S rRNA에서의 삼차상호작용에대한 작업가설을 제안하였다.

We have applied Pb2+ to the structural analysis of 5S rRNA from Pseudomonas alcaligenes. The mode of Pb2+-induced clevage on 5S rRNA has shown several specific features which may be utilized for the examination of tertiary structure of 5S rRNA: Pb2+ does not attack the stable helical stems; single stranded regions or bulges are attacked in variable susceptibilities depending on the positions of the sequences or the bases on the molecule; unstable helical region d is not attacked at all; only 3' sided strand of unstable helical stem C is weakly attacked, leaving 5' sided strand unattacked. Based on the Pb2+ cleavage properties and the structural analysis of Xanthomonas celebensis 5S rRNA, we have proposed a working hypothesis for the tertiary interactions in 5S rRNA.

453 - 458
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