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Journal of the Korean Chemical Society (JKCS)

ISSN 1017-2548(Print)
ISSN 2234-8530(Online)
Volume 43, Number 5
JKCSEZ 43(5)
October 20, 1999 

Conformattion of cyclo-[GIn-Trp-Phe-pAla-Leu-Met], a NK-2 Tachykinin Receptor Antagonist

NK-2의 Antagonist인 cyclo-[Gln-Trp-Phe-pAIa-Leu-Met]의 형태에 관한 연구
Jong-Myung Ha

새로운 NK-2 antagonist이며 고리상 펩티드인 cycIo-(Gln1-Trp2-Phe3-βAla4-Leu5-Met6)의 DMSO용액 중에서의 헝태를 2차원 핵자기공명과 분자동력학적인 계산에 의하여 결정하였다. 조건을 만족시키는 25개의 구조는 모든 아미노산 잔기의 골격원자들(N,Cα,C')의 자승 평균 평방근이 0.02Å이내로 수렴하였다. 이 고리상 펩티드의 구조는 Met6NH와 Ala4CO, Ala4NH와 Met6CO, Phe3NH와 Met6CO의 사이에 분자내 수소결합이, Gln과 Trp에 type-I β-turn, 그리고 Leu에서 Υ-turn을 취하고 있었다. 알려져 있는 고리상 펩티드인 cyclo-(Gln1-Trp2-Phe3-Gly4-Leu5-Met6)의 Gly이 βAla으로 바뀜에 따라 βAla의 여분의 메틸렌이 고리의 골격의 반발력을 완화시키고 수소결합들이 형태의 안정에 기여하고 있다고 생각된다.

Solution conformation of cyclo-(Gln1-Trp2-Phe3-βAla4-Leu5-Met6), new NK-2 antagonist in dimethyl sulfoxide solution, has been determined by the use of two-dimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy combined with simulated annealing calculations. The peptide exhibited converged structures with the atomic root-mean-square difference for the backbone atoms (N, Cα, C') of all residues being 0.02Å in the 25 annealed structures. The analysis of the structures indicated that the cyclic peptide has three intramolecular hydrogen bonds between Met6NH and βAla4CO, βAla4NH and Met6CO, Phe3NH and Met6CO, and contain a type-I β-turn with Gln and Trp and Υ-turn with Leu. The addition of an extra methylene group to Gly, i.e. P-Ala residue, may relax some unfavorable restraints in the cyclic backbone structure, hence enabling an additional hydrogen bond, which results in stabilizing one conformation.

540 - 546
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