Current time in Korea 18:50 Oct 27 (Tue) Year 2020 KCS KCS Publications
KCS Publications
My Journal  Log In  Register
HOME > Search > Browsing(JKCS) > Archives

Journal of the Korean Chemical Society (JKCS)

ISSN 1017-2548(Print)
ISSN 2234-8530(Online)
Volume 37, Number 2
JKCSEZ 37(2)
April 20, 1993 

 
Title
Some Tertiary Interactions in 5S rRNA from Xanthomonas celebensis

Xanthomonas celebensis 5S rRNA의 몇 가지 삼차상호작용
Author
Bongrae Cho, Younghoon Lee, Myung-Un Choi, Inwon Park

조봉래, 이영훈, 최명언, 박인원
Keywords
Abstract
Xanthomonas celebensis 5S rRNA를 분리 정제하여 효소적 방법과 화학적 방법으로 그 일차구조 및 이차구조를 결정하였다. 이 5S rRNA는 119개의 누클레오티드로 구성되어 있으며 변형된 누클레오시드를 함유하고 있지 않다. 그리고 이 5S rRNA는 X. maltophilia 및 X. citri의 것처럼 5'-말단에 가외의 우리딘잔기를 하나 더 가지고 있다. 결정한 X. celebensis 5S rRNA의 이차구조는 본 연구진이 이미 결정한 두가지 Xanthomonas 종들의 것들과 매우 유사하며, 5개의 이중나선 줄기와 5개의 단일가닥 고리 그리고 2개의 내밀린 구조를 가지고 있다. X.celebensis 5S rRNA 분자 내의 삼차상호작용은 테옥시헥사머를 이용한 혼성체화법과 Fe(Ⅱ)-EDTA를 사용하여 5S rRNA를 쪼개는 방법으로 분석하였다. 5S rRNA 상의 U35CCCAU40부분을 상보성을 가진 데옥시헥사머를 혼성체화한 다음에 고리 M, 구역 I1-C, 고리 H2에 있는 약간의 아데노신 잔기들이 피로탄산 이에틸에 대한 감수성을 가지게 되는 사실과, Mg2+이 있는 조건에서 고리 M, 고리 H1, 및 구역 D-I2에 있는 약간의 누클레오티드 잔기들이 Fe(Ⅱ)-EDTA의 분열작용에 저항성을 나타내는 사실에서 고리 H1과 고리 H2가 어떤 방법으로든 고리 M과 삼차상호작용을 하는 것으로 추측되며, 이 삼차작용에서 구역 I1-C와 구역 D-I2 돌쩌귀로 작용하는 것으로 생각된다. 고리 H1은 산성 조건(pH 5.5)에서 비표준형 염기쌍 A:C 들을 형성함으로써 3개의 염기로 이루어지는 고리를 형성한다는 것을 알았다.

The primary and secondary structure of the 5S rRNA isolated from Xanthomonas celebensis were determined by enzymatic and chemical degradation methods. It consists of 119 nucleotides and contains no modified nucleosides. As with the 5S rRNAs of X. maltophilia and X. citri, it contains an additional uridine residue on the 5'-terminus. Its secondary structure was almost identical to the models previously proposed by us for the 5S rRNA of two Xanthomonas species. Its secondary structure consists of five helices, five loops and two bulges. The tertiary interactions in the 5S rRNA molecule were analyzed by Fe(Ⅱ)-EDTA treatment and hybridization method using deoxyhexamer. From the fact that some adenine residues in loop M, region I1-C, loop H1, and loop H2 become susceptible to diethylpyrocarbonate when the 5S rRNA was hybridized with deoxyhexamer complementary to the sequence U35CCCAU40 and that some nucleotide residues in loop M, loop H1 and region D-I2 become resistant Fe(Ⅱ)-EDTA cleavage in the presence of Mg2+, it is presumed that loops H1 and H2 interact with loop M in some way. In the tertiary interaction, the regions I1-C and D-I2 seem to act as hinges in folding the stems B-I1-C and D-I2-E. It was found that loop H1 changes into a smaller loop of three bases by forming noncanonical A : C base-pairs ih acidic environment.

Page
237 - 243
Full Text
PDF